3 вещи которые нужно знать при обновлении конфигурации

1. Для того чтобы увидеть затрагивает ли обновление ваши изменения,  в фильтре выберите "Показывать отличия основной конфигурации от старой конфигурации поставщика"
2. Для выборочного обновления какого либо модуля  нужно окно сравнения и объединения модуля открыть из колонки "Режим объединения и порядок подчиненных объектов" и вы сможете для каждой процедуры/функции определить свой режим объединения или вообще его не использовать.  

3. Ну и комментарии и еще раз комментарии при изменении типового функционала.